松树EST资源的SSR信息分析毕业论文

 2021-04-12 11:04

摘 要

本论文分别对松属5个树种EST序列进行SSR检索、信息分析,比较不同树种EST-SSR分布特征。从EST-SSR出现频率看:火炬松和海岸松相对较高,均在0.01以上,辐射松和黑松较低,约为0.006;从EST-SSR分布特征分析发现,除海岸松中二核苷酸重复所占比例最高外,其他4个树种均为三核苷酸重复最高,而比例最少的均为四核苷酸重复。通过EST-SSR重复基元的类型分析得知,AAG/CTT在短叶松、辐射松、黑松中比例最高,AT/AT重复在辐射松、海岸松、火炬松中比例达到15%以上。比较松属5个树种所设计出的EST-SSR引物类型得知:所占比例最高的均为三核苷酸重复,其次是六核苷酸重复,最低的均为四核苷酸重复。该结果对了解松属EST-SSR的特征、EST-SSR与功能基因的关系有一定帮助。此外,该研究对马尾松等松属其他树种EST-SSR引物开发也有指导作用。

关键词:松属;马尾松;EST-SSR;生物信息

Abstract

In order to compare the distribution of EST-SSR among different Pinus species, the EST sequences from 5 species of Pinus were analyzed and the SSR were found respectively. It’s found that the frequency of EST-SSR between P. teada and P. pinaster are higher than P. radiata and P. contorta, the former is more than 0.01, and the later is about 0.006. The characteristic of EST-SSR distribution shows that trinucleotide repeat is the highest in all species except the P. pinaster, whose the highest repeat is dinucleotide. While tetranucleotide repeat is the least in the 5 species. The types of EST-SSR repeats are analyzed that AAG/ CTT is the highest in P. banksiana, P. radiata and P. contorta, AT/AT is more than 15 percent in P. radiata, P. pinaster and P. teada. The types of EST-SSR primers designed from the 5 species of Pinus were compared and it shows that trinucleotide repeat has the highest proportion in all species, followed by hexanucleotide repeat, the lowest is tetranucleotide repeat. The result can help us to understand the characteristics of EST-SSR, and the relationship between EST-SSR and functional genes for Pinus. Also it has guidance for the development of EST-SSR primers in Pinus such as P. massoniana.

Key words:Pinus; Pinus massoniana; EST-SSR; Bioinformation

目录

1 文献综述 1

1.1 马尾松资源及研究进展 1

1.2 马尾松分子标记研究进展 1

1.3 EST-SSR标记研究进展 2

2 数据来源与方法 4

2.1松属EST数据来源 4

2.2 数据处理方法 4

2.3 EST-SSR引物设计 5

3 结果分析 5

3.1松属不同树种EST-SSR分布 5

3.2 松属不同树种EST-SSR重复基元分布 6

3.3 松属不同树种EST-SSR特征分析 7

4 讨论 9

5 结论与展望 11

致谢 12

参考文献 13

1 文献综述

1.1 马尾松资源及研究进展

马尾松(Pinus massoniana Lamb.)是松科(Pinaceae)、松属的双维管束松亚属(Subgen.Pinus)多年生常绿树种。幼树树冠为圆锥形,老则为广圆形,枝条每年生长一轮,一年生枝淡黄褐色,无白粉,冬芽褐色;针叶两针一束,长12-20cm,径长1mm,细柔,树脂道4-7,边生;成年树皮呈红褐色,下部呈灰褐色,裂成不规则鳞片块状;球果卵圆形或圆锥状卵形,长4-7cm,熟时栗褐色;鳞盾微隆起或平,微具横脊,鳞脐微凹,通常无刺。花期4-5月,球果翌年10-12月成熟。马尾松喜阳光,温暖湿润的气候,产区年均气温13-22°C,年降水量800mm以上,能耐-18°C的短时低温,喜酸性土壤(pH4.5-6.5),耐干旱贫瘠,不耐劳及盐碱土。

马尾松是我国南方主要的工业原料树种,木材可作为建筑、板材、家具、胶合板、造纸、木纤维工业用材,经过防腐后可作枕木,矿柱等用;树干可采割松脂,是我国松脂生产的重要资源,树干及根部可培养茯苓;同时马尾松也是绿化造林和荒山废地恢复植被的主要先锋树种,常飞籽成林。因此,在创造经济价值和发挥生态效应方面,马尾松在我国都占据着举足轻重的地位。马尾松分布广泛,在我国两广地区与海南省,常见有3个变种:产于两广南亚热带地区的岭南马尾松;产于海南雅加大岭的雅加松;产于广东高州地区的黄鳞松。此外,安徽、江苏、浙江等省在马尾松和黑松发生交界的地带,有二者的天然杂交种——黄松。它不仅是我国松属树种中分布最广泛的树种,也是我国亚热带东部湿润地区典型的针叶树中代表树种。在北纬21°41’——33°40’,东经102°10’——120°的广大地区内,除少数高山外,到处都可见它的踪迹,跨越江苏、安徽、河南、湖北、陕西、四川、台湾等十七个省区。

1.2 马尾松分子标记研究进展

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